Цитата: Организация (принципал) в 1 квартале 2018 перечислила посреднику (агент) предоплату за товар, который агент приобретет у иностранной компании.
Для агента это не "предоплата", а "деньги, переданные для выполнения поручения" по агентскому договору.
Поэтому, получив деньги агент счет-фактуру передавать принципалу не должен.
А вот, когда он заплатит предоплату поставщику и получит от него счета-фактуру на аванс, этот счет-фактуру он может перевыставить принципалу, чтобы тот принял к вычету.
Но это, когда операция на внутреннем рынке.
При ввозе импортных товаров принять к вычету НДС с предоплаты невозможно.
В Вашем случае агент заплатил НДС на таможне. Но пока товар на таможне не будет оформлен, а сам НДС зачтен таможенными органами в счет оплаты, этот НДС нельзя принять к вычету. Даже, если агент выставит принципалу счет-фактуру...
Так что, ждите товар и отчет агента, в котором он Всё Вам распишет и приложит счет-фактуру на этот НДС. Вот тогда принципал и сможет принять этот НДС к вычету.
Успехов!